3  Pengantar Bioinformatika

Modul ini berfokus pada teknik dasar analisis sekuens DNA/Protein menggunakan database publik dan alat analisis sekuensial.

3.1 Database Sekuens Biologis

Untuk melakukan analisis sekuens, kita sering kali mengunduh data dari repositori internasional seperti: * NCBI GenBank: ncbi.nlm.nih.gov * UniProt: Database komprehensif untuk data protein uniprot.org * PDB (Protein Data Bank): Repositori untuk struktur 3D protein rcsb.org

3.2 Penjajaran Sekuens (Sequence Alignment)

Penjajaran sekuens digunakan untuk membandingkan sekuens DNA, RNA, atau protein untuk mengidentifikasi daerah kemiripan yang mungkin disebabkan oleh hubungan evolusioner.

3.2.1 Penjajaran Sekuens Global vs Lokal

  • Global Alignment: Mencoba menjajajarkan sekuens dari ujung ke ujung (contoh: algoritma Needleman-Wunsch). Cocok untuk sekuens yang memiliki panjang hampir sama.
  • Lokal Alignment: Mencari sub-sekuens terbaik yang cocok di dalam sekuens yang lebih panjang (contoh: algoritma Smith-Waterman atau BLAST).